Secara fisik, Badak Jawa dewasa merupakan megafauna yang mengesankan dengan berat mencapai 1,6 hingga 2,3 ton, tinggi sekitar 1,7 meter, dan panjang tubuh antara 2 sampai 4 meter. Salah satu ciri pembeda yang menarik adalah pada culanya; badak jantan memiliki cula dengan panjang sekitar 20-27 cm, sementara badak betina umumnya tidak memiliki cula sama sekali. Untuk memenuhi kebutuhan nutrisi dan mineralnya, mereka mengonsumsi tunas, ranting, daun muda, serta buah-buahan yang jatuh, serta melakukan aktivitas menggaram.

Mengingat sifatnya yang pemalu dan sulit ditemui secara langsung, keberadaan Badak Jawa di hutan biasanya diketahui melalui tanda-tanda tidak langsung. Para petugas dan peneliti sering mencari jejak berupa kubangan, bekas kaisan di tanah, serta gesekan cula pada batang pohon. Selain itu, tanda-tanda lain seperti bekas pakan, adanya ranting yang terpelintir, bekas urin pada dedaunan, hingga feses yang ditinggalkan menjadi bukti nyata kehadiran sang raksasa lembut ini di habitat aslinya.